Le fonti storiche sono piuttosto scarse; in ogni caso si ha notizia nel XIII secolo di una chiesa dedicata a San Giovanni sita nella zona chiamata Prato Iohannis, da cui l’attuale toponimo. La zona faceva parte del territorio controllato dall’abbazia di San Salvatore Maggiore che cade nell’attuale perimetro della frazione; nel Duecento il territorio passò in gestione a Rieti. La frazione è appartenuta allo Stato Pontificio, trovandosi lungo il confine con il Regno di Napoli segnato dal fiume Salto.  Nel primo Seicento i fuochi del castello erano 35. Nel 1817 Pratoianni, con 141 abitanti, divenne appodiato di Roccasinibalda e successivamente di Concerviano. Nel 1853 era popolato in gran parte da pastori, contava 225 anime, delle quali soltanto 9 risiedevano in campagna, ripartite in 38 famiglie, che abitavano in 33 case. La chiesa parrocchiale, priva d’organo, era dedicata a S. Lorenzo. L’unica mola a grano era dei Chiarinelli. Nel paesetto si vendevano soltanto sale e tabacchi e c’erano un muratore, un calderaio e una mola a grano appartenente alla famiglia Chiarinelli; la famiglia più ricca e importante era quella dei Felizzoli.